В 2004 г. Владимир Алексеевич возглавил крупнейшее медицинское учреждение Кубани – Краевую клиническую больницу № 1 им. проф. С.В. Очаповского, включившую в себя центр грудной хирургии. Благодаря богатому опыту научной, педагогической и организационно-методической работы В.А. Порханова, его личной инициативе и мощному кадровому потенциалу учреждения краевой клинической больнице в 2014 г. был присвоен статус научно-исследовательского института. Под руководством и при непосредственном участии В.А. Порханова в Краснодарском крае начали выполнять уникальные реконструктивные операции на трахее, главных бронхах из различных доступов, наиболее часто – из усовершенствованного им стернотомного доступа. Он организовал Краевую бронхологическую службу, службу анестезиологии и реанимации для легочных больных.

Обширная хирургическая практика и активная научная деятельность Владимира Алексеевича нашли свое отражение в его диссертации на соискание степени доктора медицинских наук «Торакоскопическая и видеоконтролируемая торакальная хирургия легких и средостения», которую он защитил в 1996 г. Это первая фундаментальная работа в России, послужившая основой для развития данного хирургического направления, которое сегодня успешно внедрено в торакальную хирургическую службу.

В.А. Порханов ведет активную преподавательскую работу. С 1997 г. он возглавляет кафедру онкологии с курсом торакальной хирургии факультета повышения квалификации и профессиональной переподготовки сотрудников Кубанского государственного медицинского университета. На кафедре проводится обучение врачей по программам высшего и дополнительного профессионального образования, реализуются принципы непрерывного профессионального образования врачей – торакальных хирургов и онкологов.

В.А. Порханов входит в редакционные коллегии журналов «Грудная и сердечно-сосудистая хирургия», «Кардиология и сердечно-сосудистая хирургия» и «Хирургия. Журнал им. Н.И. Пирогова», а также в редакционные советы журналов «Вестник трансплантологии и искусственных органов», «Эндоваскулярная хирургия», «Медицинский альянс», «Трансплантология» и «Журнал имени Н.В. Склифосовского «Неотложная медицинская помощь».

В 2011 г. В.А. Порханов избран членом-корреспондентом Российской академии медицинских наук по направлению «Торакальная хирургия». В последующем он продолжил научные изыскания по широкому спектру проблем на более высоком методологическом уровне. Профессор постоянно работает над совершенствованием организации краевой трансплантологической службы, исследует вопросы мультиорганных трансплантаций органов и тканей. Он активно поддерживает и реализует международное сотрудничество по актуальным практическим и научным проблемам торакальной хирургии, является членом Европейского общества торакальных хирургов, Европейской ассоциации кардиоторакальной хирургии, Европейского респираторного общества, Американской ассоциации торакальных хирургов, Международной ассоциации по изучению лечения рака легкого.

В настоящее время в научно-исследовательском институте функционируют 14 научных отделов, где работают 22 доктора медицинских наук, 118 кандидатов медицинских наук, 2 кандидата биологических наук, по одному кандидату фармацевтических и психологических наук. Институт сегодня это мощная клиническая база для кафедр Кубанского государственного медицинского университета и Краснодарского краевого базового медицинского колледжа.

В.А. Порханов является лидером в стране по опыту выполнения одномоментных операций на легких и сердце. Он новатор во многих практических и фундаментальных направлениях в торакальной хирургии, внесший крупный вклад в исследование и разработку новых методов лечения и диагностики заболеваний органов грудной клетки, в решение теоретических и практических проблем легочной хирургии. Им проведено 5 ортотопических трансплантаций легких. Организованная на базе института трансплантологическая служба выполнила более 600 трансплантаций органов. Под его руководством в крае впервые за многие годы начали развиваться детская фтизиохирургия и хирургия трахеи. В НИИ содана клиническая лаборатория регенеративной медицины – первая в России, работающая в области торакальной хирургии.

В 2016 г. Владимир Алексеевич стал первым на Кубани академиком Российской академии наук.

В 2017 г. В.А. Порханову присвоено звание Героя Труда Российской Федерации.

В.А. Порханов – лауреат Государственной премии Российской Федерации в области науки и технологий (2019).